勿論全部屋に付けても良いですが、全体の容量が大きすぎる計画になりがちで、エアコンの効率が下がって省エネにはならない事も多いです。
また、夏場はその使い方ですと除湿が出来ずに悩むことが多くなります。冬はエアコン1台、夏は負荷の状態に合わせて2台使いというのが、今の所バランスが良いかなと考えております。

将来的にエアコンが取り付く可能性がある場所には新築時に全て穴を開けて配線を通しております。
気密はしっかり処理をすれば悪くなりません。せいぜいαA値が0.5cm2程度落ちるくらいで、問題ありません。それよりも後で折角丁寧に仕上げた防湿ライン気密ライン断熱ライン防水ラインを全部台無しにする方がよほどリスクが高いです。

ガルバリウムの裏も通気層になり得ます。ガルバリウムの場合は横胴縁に隙間をあけないというやり方をされる工務店さんもあります。
本州であれば、出来ればもう少し通気を取った方が夏の対策には良いかなと思っております。

どちらでも良いかと思います。私もどちらも使った事があります。
白蟻対策の基本は薬剤ではなく木材の乾燥です。そのあたりの理論理屈は京都大学の吉村教授という方が日本で最も先端の研究をされておられます。学会の理論理屈→商業バイアス→一般的な防蟻商品。という流れで世の中に普及されますが、一般的な防蟻商品の選定で迷うよりも、もっと原理原則、理論理屈に則った防蟻対策をした方が確実で安全です。
まずは木材の乾燥が大事です。それさえ100%担保できれば、防蟻材の重要性は1/10程度になっていきます。

基礎断熱の場合、床下浸水は気密性如何で防げますが、床上まで水が来た場合は、サッシの気密性、玄関ドアの気密性、排水管の逆流対策の有無によっては床上浸水が発生します。床をめくり、床下の排水、乾燥、石灰による消毒のうえ、床を復旧致します。また、断熱材が繊維系の場合は水に濡れてダメになりますので壁をめくったりする必要性もあります。
水害については、しっかり対策をしてあれば床断熱でも基礎断熱でも同様に耐えることが出来ますし、浸水してしまった場合の、床や壁をめくる云々に関しても、同様のリスクになります。

どちらにしても、しっかりやるかどうかが最も大事です。

こちらについては、業界の中でも今になって盛んに議論が交わされるようになりました。業界紙などでは既に何年も前から警鐘が鳴らされていた事ですので、今、対策をするのは遅いと言わざるを得ませんが。
屋根についても壁と同じように湿気を排出する機構は必須です。それをルーフィングで行うのか、通気工法で行うのかというのはそれぞれの地域の実情に合わせて使い分けて頂ければと思いますが、何かしらの対策は必須になります。
ちなみに弊社は通気工法＋野地板とルーフィングの間にインシュレーションボードを挟み込むという対策を行い、野地板の結露対策を行っております。

ダイキンの物に限らずですが、日本製の物は、日本で規定された数字は高性能を目指しますが、規定されていない物については「何をやってもいい」というような商品開発がなされます。例えばシステム内の漏気率などは非常に甘かったり、設定が無かったりする製品が殆どです。
総合的に良いものを目指す仕組みではなく、今のルール内における良い物を目指している製品が多いです。

エアコンのAPFは良いですが、冷媒温度が下がらず単体での除湿力は低く（家庭用エアコンの場合）、それを補う形でデシカなどを使いますが、熱交換効率以上に加熱エネルギーを膨大に使う設備な為、快適性は上がれど全くエコではない上に個人が買えるぜいたく品の枠を飛び出す高額さになります。日本製だからメンテは安心というのは全く逆で、日本の製品はあっという間にメンテ不要になります。15年後は捨てるしかなくなります。

以前は生涯コスト的にアンテナの方が安かったですが、巨大台風などが日本を襲うようになった現在、アンテナは台風の被害を受けやすくなっております。台風が心配な地域であれば、ネット経由の物の方が安心感はあるかもしれません。

基礎内断熱の場合は立ち上がりの断熱を少し薄くして熱橋と断熱のバランスを取ります。基礎外断熱の場合は、熱のバリアラインと蟻のバリアラインをそれぞれ設定して対応します。

大きな要素は日中に人が居るかどうか。エアコンは常時onしてくれるかどうか、間欠運転にしたいかどうか。になります。
日中人がおらず間欠運転という使い方だと基礎内断熱の方が良いです。