まず質感と温かみについてですが、
硬くて重い床材程、傷付きにくく、足の裏がひやっとします。
柔らかくて軽い床材程、傷つきやすく足の裏は暖かいです。

前者はタイルなどが挙げられ、後者は木材です。
木材の中でもナラなどの広葉樹は硬くて重く、
杉やヒノキなどの針葉樹は柔らかくて軽い傾向にあります。

また、いくら柔らかくて軽い床材を選んでも、そもそもの
室温や床の表面温度が低ければ、暖かさは感じられません。

長期的なコストという点では、まず床材を「一生モノ」と
捉えるかどうかが一つのポイントになってきます。

お寺の境内の床などは厚さ4cm以上の無垢材が使われますが、
あのレベルの物になりますと、少なくとも家を建てた世代の人が
死ぬくらいまでは長く持つ床になります。（紫外線や雨が当たらない前提）
建築の内装材については、一般に建物の想定使用期間と同じ耐久性を
持つ素材が、生涯コストで最も安くなる材料と言えます。勿論例外もありますが。
そういった意味では、杉の厚板は、花粉症も温熱も温かみも兼ね備えた床材と言えるかもしれません。
2階の床に関しては、耐震等級を考えるのであればどうしても24mmであったり28mmといった厚みの合板を施工することになりますので、あまり厚い床板を施工することは一般的には致しませんが、1階であれば、杉の厚板を使う施工もありなのではと思います。
今の技術の合板がどうなるかは、まだ分かりませんが、30年ほど前に施工された合板のフロア材などはどうしても合板の接着面が劣化し、人がよく歩く場所で床がたわんでしまうという例が多いです。
当時は12mmの厚みの床を1枚だけという施工も多かったので、
合板というだけの原因ではないかと思いますが、
層が剥離する可能性というのはゼロではありません。

ちょっと適切な回答になっているか自信がありませんが、参考にしていただければと思います。

気密がしっかりと取れている家（C値1.0以下）という前提でお答えいたします。
快適性という点ではそんなに変わらないと思います。
しかし、生涯コストという点ではUA値0.28+3種換気の家の方が50年で100万円程安いと思います。勿論設計によってはもっと差がついたりそこまで差がつかなかったりしますので、お住まいになる想定期間分の光熱費やメンテナンス費の試算を建築会社に出してもらってください。
足元の寒さが気になるようであれば、どちらの場合でも床が暖かくなるような暖房計画（床下エアコンや床暖房など）を採用するとなお良いですが、どちらが良いかについては、あなたがどのくらい寒がりかという事にもよりますので、そこは建築会社さんに数値を伴うしっかりしたヒアリングをしてもらった方が良いです。
UA値は下がれば下がるほどシームレスに家の中の温度ムラ、冷暖房コストなどが良い方向に変わっていきます。
一生涯、住宅を維持管理していく中で、よりコスパが良く、より後で触りにくいのは換気設備よりも断熱材の方です。0.3を下回るまでは、断熱材だけにお金を掛けたほうがいいです。

耐震等級3＋制振ですね。
私も両社は必須だと思っております。
制振につきましては大きく分けて2つの考え方で商品が開発されております。商品名は色々あり過ぎますので、カテゴリ分けだけさせて頂きました。
①基本的に耐震金物だけど、許容できる力を超えたらわざと壊れて、それ以降は制振材として働くもの
②耐震性は全くないが、最初から制振材として働くもの
③その中間くらいの性能で、耐震性はギリギリカウント出来る程度のものであり、割と初期変形から制振部材として働くもの
①の物は耐震等級3を取るための構造計算に入れられることから、よく好んで使われます。②の物は構造計算上は無視されて、純粋に制振だけに効く形になります。
①の方が耐力壁としても計算できるので良いように見えますが、①の物が制振材として効くためには一定以上の負荷がかかって変形が大きくなってからになります、簡単に言うと大地震の時にだけ効くという事です。普段の細かな地震に対しては制振の建物にはなっていないという事になります。
②は地震に耐える力は一切ありませんが、わずかな地震からでも制振部材として効きますので、日常起こり得る地震で起きる内装のひび割れなどを防ぐ役割を果たしてくれています。
私としては、耐震等級3をちゃんと取ったうえで、プラスαで②の制振部材を使う方が、家の為には良いのではないかと考えております。
木造住宅で耐震等級3を取るためには、外壁面の構造用合板も内部の筋交いも必須に近いですので、特にこれでないとダメと言うものはありません。南北に長い家などは、窓面にコボットなどの鉄筋ブレース部材を使う事もあります。

①が壁倍率を2倍以上取れる筋交い式の制振ダンパー材
②は壁倍率を取れない筋交い式の制振ダンパー材や車のサスペンションの様な方杖式のダンパー材、制振テープ部材が挙げられます。
③は壁倍率が1倍程度の筋交い式ダンパー材です。

私なりに完璧の定義を再考してみましたが、一日の中での瞬間的な窓からの直射光による取得熱が100W以下。という所かなと思います。強いて言えば３が近いでしょうか。光が当たろうが当たるまいが、最終的には冷暖房負荷で考えますので、数値に置き換えて考えます。例えば西側の面は瞬間的に600W/㎡程度の日射熱が降り注ぎます。横1.65m×縦1.1mで日射取得率が50%の窓が1つあった場合、600W/㎡×1.5m×1.0m×50%=450Wとなります。Q値2.0（UA値0.56程度）×100㎡（30坪）×10℃（夏の温度差）=2000Wというのが家全体の熱取得になりますが、そこに450Wがプラスされて2450Wが合計熱負荷になるという計算です。家全体ではそんなに影響がない様に思えるかもしれませんが、窓のついている部屋だけは極端に暑くなってしまいます。上記の窓にすだれやスクリーンを付けると約8割、日射取得が減りますので450×0.2=90W程度となります。ざっくりのイメージですが、それが完璧な日射取得だと思います。大きな窓＋遮蔽部材でもいいですし、窓を小さくするでも大丈夫です。100W÷600W/㎡÷50%=0.33㎡ですので、縦0.5m×横0.3m=0.15㎡程度の窓2つであれば日射遮蔽が無くても直射光による熱取得を100W以下に抑えられます。
冷暖房負荷は「数字」です。性能の高い家を求めるのであれば、パッシブデザインの型だけを覚えている人ではなく、数字を出せる人を探さないと難しいと思います。

物件によってバラバラですので標準の断熱性能というのはありませんが
現在進行中の現場ですと、R値6.3㎡K/W（高性能グラスウール16Kで240mm相当）が最低で、R値15㎡K/W（高性能グラスウール16Kで570mm相当）というのが最高です。住まい手が求める広さ、温熱環境、冷暖房費、生活スタイルから性能を逆算して決めております。あなたがこうありたいと願う暮らしを実現させるために必要な断熱の厚みを提供します。

予算が厳しくない場合でも、無料で太陽光の仕組みをお勧めしております。Looopやリクシルテプコ、京セラ関電エナジー他、無料もしくはリースで太陽光を載せる仕組みは沢山ありますが、これらはいい意味でここ数年しか通用しない限定的なビジネスモデルです。つまり今の時期に家を建てる方だけが使えるボーナス的な物ですので、使っておいた方が良いです。自費で太陽光を載せる人が初期コストを回収できる確率はそうそう高くありません。
太陽光発電の事を考える時に殆どの人は「円」の単位で物事を考えますが、太陽光発電で得られる本当の成果は「kWh」というエネルギーの現物になります。今後、エネルギー価格がどんどん高くなっていくにつれて、エネルギーの原資を持っていることが非常に有利に働くようになります。自費で10kW程度の太陽光を載せると300万円ほどかかりますが、無料やリースのしくみを使えばほぼゼロ円で太陽光が手に入り、10年後にはエネルギーの原単位を生み出す家に住むことが出来ます。
リースの会社はどこを選べばよいのかという話ですが、それは自分に合うか合わないかで決めてもらえれば良いと思います。目安として、自家消費が多そうであればリクシルテプコがいいですし、比較的節約生活を送っているのであればLooop、か京セラ関電エナジーでしょうか。
Looopはリース、京セラ関電エナジーは無料になりますが、自家消費や売電、買電のルールが微妙に違いますので、よくHPを見て確認してください。

非常に鋭い質問ですね。おっしゃるように、基礎／床、天井／屋根で気積が変わってきますので、例えばＣ値を測定する時の分母が変わってきたり、UA値を計算する時の外皮面積が変わってきたりします。一般的には分母が大きくなればなるほど、係数は下がりますので、床断熱＋天井断熱の家よりも、基礎断熱＋屋根断熱の家の方が、UA値やC値は下がりやすいです。ただ、それらの係数は下がっても、隙間の絶対値や、熱が逃げる外皮の絶対的な面積は増えておりますので、光熱費は基礎断熱や屋根断熱の方が増える事になります。
屋根断熱をするのであれば、小屋裏空間を上手に使って、勾配天井や、ロフト部屋を有効活用しないと勿体ない事になってしまいます。
参考にしていただければと思います。

基本的に、家の中に自然由来ではない物を使った場合、人体への影響はゼロではありません。ただ、致死量が100とした場合、影響の度合いが10程度なのか、0.1程度なのか、0.0001程度なのかという程度問題があるだけです。そういった意味では、影響はあるが問題は無い程度であるというのが、最も正確な表現なのではと思います。
恐らくスタイロフォームATよりもはるかに悪影響のある物が室内には沢山使われるはずですので、あまり気にしなくても良いかと思います。
また基礎内断熱の場合、防蟻材入りの断熱材を必ずしも使わなくても大丈夫だと思います。ベースと立ち上がりの打ち継ぎをしっかり地面より高い位置で作り、アリの侵入が無い様点検をすれば、基礎内断熱で食害はありません。

最後に、質問の内容とはあまり関係ないですが、基礎内断熱＋床下エアコンで最も大事なのは、基礎全面に断熱材を敷くという事です。冬の基礎内の温度は30℃近くまで上がりますので、床下エアコンでなければ無視出来ていた基礎のベースから地中への熱移動が、全く無視できないレベルの熱損失になっていきます。

除湿加湿器については、購入前に必ず相談いただきたいと思います。まずは消費電力、そして発熱量ですね。
高断熱になって行けば行くほど、相対的に家電などの発熱量の割合が増えていきますので、冷暖房計画において無視できない物になっていきます。
勿論、ご希望いただければ、アドバイスをさせて頂きます。
また、除湿器加湿器については、能力計算をせずに選んで全く意味が無い物が設置されているという事も少なくないので、購入前に必ず相談いただきたいと思います。

勿論採用することは可能です。杉板の単価はガルバリウムとほぼ同等ですので、焼く手間と施工の手間の分だけ高くなります。もし、建築予定地が十分に広くて、そこでご自身の手で杉を焼くことが出来れば、焼く手間は省くことが出来るかもしれません。ちなみに焼く手間は5分/㎡程度かかりますので、200㎡分焼こうと思うと丸二日程時間がかかります。
これは裏話的な感じですが、、職人さんの道具が真っ黒になるのですごく嫌がるんですよね、、道具をきれいに掃除する手間も施工費にちゃんと見ておいて欲しいと。そういうのが、施工の手間にも含まれてきます。
という事で諸々やっているとガルバの倍くらいになってしまいます。
更に余談ですが、薄く焼いた杉を床に使う事も出来ます。焼杉が大好きであればそこまでやってみてもいいかと思います。