2階浴室の床下は断熱を入れるのは難しいと思います。その代わりできれば天井はしっかり囲ってあげて、屋根裏に熱が逃げないようにしてあげたらと思います。

HEMSのメリットは「計るだけダイエット」効果です。スマホやモニターでいつもエネルギーの使用状況をできるようになり、それを気にして見るようになりますと、自分の生活において、何が沢山エネルギーを使っているのかが分かります。効率の良いエネルギーの削減ができるようになります。

シミュレーションはしなくても家が建ちますが、やった方が良いです。シミュレーションと聞くと大げさに聞こえますが、要は計画と予測です。あなたは家づくりをするときに、会社選びも資金計画も間取り設計も、適当お任せ無計画で進めますか？
そういう進め方でしたらシミュレーションをしない会社さんでも何も文句は出ないと思います。
シミュレーションをしないで進めるなら住んだ後に「思ったよりも寒い/暑い/光熱費が高い」は言ってはいけません。

家の中の空気の流れをコントロールすることで、においが伝わってほしくない場所への空気の流入をある程度防ぐことはできますが、音は伝わってしまいます。
そこは完全に矛盾した要望になってますのでハード面での工夫よりも、家族間で迷惑な音を出さないように気をつける。あまり音の事に神経質にならないように気をつける。というソフト面の工夫の方が良いかと思います。私の家はロフトまで筒抜けの吹き抜けで、ロフトにおいてあるキーボード（楽器）の音が家中に聞こえますが、家族6人誰もうるさいとは言いません。リビング階段、気持ちいいですよね。

その現象は起きます。外と中の気温差により空気の圧力差が生じますので、夏と冬では給排気の風量が変わります。圧力差を無くしたければ、外と中の気温を合わせると良いです。つまり、断熱や冷暖房をしなければそういうことは発生しにくいです。
高気密高断熱でもそういうことが起きる。のではなく、高気密高断熱だからこそ、そういうことが起きるんですね。

既製品の家具で2300みたいな背丈の物が入らないとか、諸々あります。家の中全部を2200にしてしまうと、天井高さが低いと感じる人もいますので、適宜吹き抜けや勾配天井を織り交ぜる方が私は良いかと思っております。あと、天井が照明器具などでごちゃごちゃしているとうるさいのでなるべく一面何もない状態を作ってあげたほうがいい気がします。

全館冷暖房の場合は、もちろん床断熱の方が少ないエネルギーで生活できます。物理的に気積も表面積も多くなりますので同じというわけにはいきません。
だから、基礎断熱にするのであれば、床下空間が室内と同じ環境になるという特性を是非生かすべきです。何も生かさないのであれば、床断熱の方が良いです。

これは私のイメージも強いのですが、耐震等級3の建物は地震が来た際でも「住み続ける」事を目的にしていると思います。潰れない事は耐震等級1でも3でも同じですが、1回の地震で各所にダメージが残り、その後住めるかどうか分からないのが耐震等級１、地震が何回来てもほぼ無傷に近く、ずっと住み続けられるのが耐震等級３という感じです。
これも震度だけでは評価しきれない部分があるので少し曖昧な返事になってしまいますが、そのようにお考えいただければと思います。

勿論、認定を取るにあたり、認定費用が掛かる上に、日本のルールにおいてはそれに対して何もインセンティブが無いという事に対しては皆さん悩まれます。認定費用を断熱を分厚くすることに回したい等、様々な葛藤があります。私も、どうしても取りたいという方以外に無理にお勧めしている訳ではありません。認定を取られる方の最も大きな理由は、地球環境の為、人類の未来の為が大きいです。次いで、折角だからちゃんとしたパッシブハウスだと言いたい。という物です。この先300万円を投資しても良いと思えるのであれば、取っておいても良いかと思います。また、パッシブハウスの認定取得のチャンスは新築時だけではありません。遠い将来、大規模リフォームをされる際に、改めてパッシブハウスの認定を取るという方法もあります。（勿論今取っておいた方がトータルでは安いかと思います）
うーん、悩みますね。

完成保証は失敗の有無という面もありますが、その会社の財務の健全性を測るパラメーターの一つでもあります。
小さな会社、大きな会社に関わらず、つけようと思えば完成保証を付ける事の出来る会社に頼むことが、質問者様のリスク低減につながりますので、後は自己判断ですね。完成保証を付ける事が出来る会社さんだという事を確認できれば、後は、付けるかどうかはどちらでも構いません。