はい、下がります。

ただし、電子集塵機の本当に必要な地域なのかどうかはお考え下さい。

田舎の空気が綺麗なところであれば普通のフィルターで十分ということもございます。

珪藻土、漆喰の調湿効果が生かされるのは中間期です。

本当に湿気の多い梅雨～8月や、水分の絶対量が少ない冬は空調（加減湿含む）無くして快適にならないのは内装材を変えても同じです。

湿気の計算をされた高性能住宅は最低限無くては話になりません。それに加えて少し湿度変化がまろやかになるのが珪藻土や漆喰になります。どちらを選ぶかという話でもありません。

設計者さんが空気線図を理解しているかどうかです。

空気線図の読めない設計者さんが「勘」で送る空気の温度や量を決めた物が成功している例は少ないです。殆どが風量不足。成功しているもののうち、風量が適正な物は僅かで、残りは過大設計になっています。

換気に何を使おうが、家の熱負荷というのはトータルで考えねばなりません。外皮は、内部発熱は、日射取得は、、と計算したうえで、必要量を締め切った個室に送ります。

注意点と言えるかどうかですが、そもそもちゃんと計算している？根拠ある？という所ですね。

温度は物理です。魔法ではありません。計算した通り以上の物は実現しません。

ざっくり優先順位を上げますと、

立地、地盤、設計、基礎、構造、断熱、耐久、外装、内装、設備（給排水、電気、換気、空調、給湯、照明、バス、キッチン、トイレ、洗面、太陽光）の順です。

無垢材にすべきかどうかは、質問者さんのおかれた状況によります。

そもそも内装に至るまでの事項は必要十分なものであるか、質問者さんにとってのローン増額は内装を無垢に変えたメリットよりも小さいと思えるかが、そのあたりが判断ポイントになってきます。

質問者さんの状況が分からないまま一般論で答えてしまいますと、世の中の家づくりの9割以上は、耐久性までの部分で必要な物を満たしておりません。ローンを増額出来る経済的余裕があるのであれば、内装以前の部分に全部入れた方が良いです。

飛びぬけてメリットのある物というのはなかなか難しいです。

また家が建つ地域や住まい手の嗜好やDIYでメンテナンスをどの程度やれるかという事にも大きく影響してきます。

岐阜地域ですと、ガルバリウムと板張りを組み合わせるのが良い様な気がしておりますが、条件によって大きく変わります。

私も同じです。その二つは同じように気にしておかなければなりません。

またもう一つの観点として、将来的に自分が管理すべき不動産を増やさないという事です。両親祖父母は勿論、親戚筋から、将来自分が相続することになりそうな土地がある場合は要注意です。

核家族化少子化が進み、思わぬところから土地や建物を相続することも起こっております。

そのような土地がある場合は、今の時点で新たに不動産を購入することはよくよく検討した方が良いです。その土地に家を建てたほうが、何年か待ったとしても生涯で家や土地に使うお金は少なくて済むことが多いです。

BELSを取るのであれば、既に外皮計算などは終わっている状況ですので、追加のシミュレーションなどもすぐに出来るはずです。

結露計算はBELSの申請に必須では無かったと記憶しておりますので、その工務店さんが任意で提出されているのだと思います。

各種の記録はきちんと出来ていると思いますので、気になるようであれば、内容の説明を求めても良いかなという程度です。

BELSのレベルを超えた専門ソフトを使用したシミュレーションは、その工務店さんがそもそもソフトを持っているかどうかにもよりますので、求めても答えてもらえない場合もあります。

一般的にはリスクが上昇します。
白蟻だけではなく、周囲からの水の侵入のリスクもあります。

しかし、この問題に私がジャッジを下すには情報不足です。断熱は基礎なのか床なのか、基礎は一体打ちなのかどうか、全周囲が土に埋まっているのかどうか、などなど、リスクを判断する材料が乏しい為、何とも言えません。