家の間取りや空調換気計画次第で、お風呂の換気扇を止める事は可能です。
ただ、つけっ放しにしておいてくださいと言われているのであれば、やはり止めるのは自己責任になるかと思います。その換気扇を止めて、カビが生えたりしても建築会社さんは保証してくれるわけではありません。これは私よりも、質問者さんの家を設計した設計者さんに聞いてみるのが良いと思います。