弊社は完成形のドアで施工しております。

質問者さんの場合ですと、完成後の結果は恐らく仮設のドアよりも良くなるのではと思います。
現場の養生の為に仮設のドアを取り付ける事はよくありますので、特に問題は無いかと思います。気密測定は、数値競争ではなく思わぬところの漏気が無いかどうかのチェックとなります。