広い家であれば床下エアコンよりも床下放熱器の方が熱を配りたい場所に配れるので温度差もなく快適ですし静かです。
室内環境の質は床下エアコンよりも高いです。
弊社で床下に放熱器を入れる場合は、必ず普通の基礎よりも高くしていざという時の維持管理ができるようにしております。

2世帯住宅の場合、全館同一温度が本当に良いのかどうかは要検討です。体感温度の個人差は世代間で変わらない場合もあれば、非常に大きい場合もあります。
床下熱源も含めた、オールシーズン・家族全員にとって良い空調システムを検討されると良いかと思います。設計者さんに相談をお願いします。