日本の本州の場合、エアコンは冷房で使用すると100%カビが生えると思ってください。除湿をするために必ずエアコンの室内機の中で結露を起させるからです。

暖房で使うだけのエアコンであれば、理論上結露が発生することはありませんので、床下エアコンを暖房専用で使うのであればカビの心配はありません。

高気密高断熱住宅の場合、エアコンはシーズン中に回しっぱなしという使い方をされる方も多いと思いますが、エアコンの中の結露水が絶えず冷やされ続け、流れ続け、そして運転による風が吹き続けているのであれば、カビが生える可能性は低下します。しかし、これも100%結露を防ぐことが出来るかと言えば全くそうではありませんので、気休めくらいに思ってくださいませ。

健康のためには、冷房で使うエアコンはシーズンが終わったら専門業者さんにクリーニングをお願いするのが良いです。