ご存知かとは思いますが、床下エアコンと基礎断熱であれば、基礎断熱の方が歴史は古く、床下エアコンの為の基礎断熱という事ではありません。なので、普通の基礎断熱のメリットデメリットを申し上げます。

基礎断熱のメリットは、床下空間の乾燥が保たせやすい為、土台や大引きといった、床下の構造材が劣化しにくい事にあります。また、基礎の空間が使える為、床下収納等が作りやすい事も挙げられます。ユニットバス部分で熱橋が出来にくい等もあります。基礎外断熱の場合は、基礎コンクリートの持つ熱容量（熱を蓄える力）を家の性能に組み込むことができます。