そうですね。より夏向けの仕様が重視されてくると思います。冷房期間がどんどん長くなり、太陽高度の低い時期でも冷房をする必要が出てきますので、日射遮蔽を如何に完璧にするかが肝になってくるかと思います。

夏こそ築年数が浅いうちは開けておいた方が無難ですね。

これは私のイメージも強いのですが、耐震等級3の建物は地震が来た際でも「住み続ける」事を目的にしていると思います。潰れない事は耐震等級1でも3でも同じですが、1回の地震で各所にダメージが残り、その後住めるかどうか分からないのが耐震等級１、地震が何回来てもほぼ無傷に近く、ずっと住み続けられるのが耐震等級３という感じです。
これも震度だけでは評価しきれない部分があるので少し曖昧な返事になってしまいますが、そのようにお考えいただければと思います。

日本製なら壁掛け1穴式ロスナイ（1台約5万円）がお勧めです。万が一ダメになってもまるごと交換が可能で3種パイプファンに切り替える事も可能です。その逆も可能です。
・見える事（物理的に交換可能な事）
・変なダクトを使うくらいならダクトレス

がポイントです。
EUの規格に当てはまっていれば海外製の物はほぼ信頼してもらって良いかと思います。

完成保証は失敗の有無という面もありますが、その会社の財務の健全性を測るパラメーターの一つでもあります。
小さな会社、大きな会社に関わらず、つけようと思えば完成保証を付ける事の出来る会社に頼むことが、質問者様のリスク低減につながりますので、後は自己判断ですね。完成保証を付ける事が出来る会社さんだという事を確認できれば、後は、付けるかどうかはどちらでも構いません。

換気は直接空気が行き渡らずとも、空気の成分が拡散、中和して混ざり合う事で、有害物質を希釈するという物になります。ダクトレス第一種でも換気性能については特に問題は有りません。ただ、折角新築を建てるのであれば、ちゃんとしたダクト式換気の方がしっかりしていますので、そちらをお勧めします。ダクトレス換気は基本的にリフォーム用商品です。

夏場の逆転結露に関しては、建てる地域の気象条件によります。絶対湿度が何g/kgまで上がる地域なのか、冬は気温が何℃まで下がる地域なのかにより最適な外皮構成は変わってきます。一概に可変シートを使えば良いという物ではありません。長い目で見ると、吸放湿は極力抑えたほうが事故は起きにくいですが、これもきちんと計算をしてみたほうが良いと思います。吸放湿が生きてくるのは中間期だけです。真冬は湿気の流れは室内から室外への一方通行ですし、真夏は室外から室内への一方通行です。

調査については、あくまでも調査であり、調査方法によって地盤の固さが増すという事は有りません。ただ、表面波探査法の方が地盤に対してより包括的な調査を行えますので、地盤の全体像が把握しやすいです。
結果、スウェーデンサウンディングで、たまたま弱い部分を調査してしまったが為に本来やらなくても良い改良が発生してしまったなどという確率は下がっていきます。
注意事項としては、表面波探査の方法では、地盤に対しておおよそ15m程度下までしか測定することが出来ませんので、あまりにも軟弱な地盤ですと、改めてスウェーデンサウンディングを行わなければならないという事もあったりします。
私はどちらでも良いかと思います。

確かに銅の方が生えにくくはなってきますが、やはりカビは生えます。
効果が高いのは絶えずコンプレッサーが動き続け水が流れ続ける環境を作ってあげる事です。エアコンを24時間回しっぱなしにすればいいかというと、それだけではなく、適切な容量選定と負荷のコントロールが出来ていなくてはなりません。でないと、エアコンがいつの間にか止まっているという事になり、その時間にカビが生えます。皮肉な話ではありますが、お上品なAI搭載高性能防カビ仕様高容量エアコンが発停を繰り返しながら動くよりも、頭の悪い激安低容量エアコンをぶん回すように使った方が絶えず水が流れ続けてくれます。水が流れ続けるという事は除湿効果も高まるという事です。更に、高性能エアコンと激安エアコンですと、初期コストで5~10倍の価格差が発生します。冷暖房費のランニングコストを下げるのはエアコンの仕事ではなく、家の性能の仕事になりますので、十分な家の性能を確保したうえで、激安エアコンを馬車馬のように働かせ、ダメになったら早めの交換というのが比較的カビのリスクの少ないエアコン選定になります。ちなみにエアコンにかかる生涯コストもその方が随分と安く済みます。

多分誰に聞いても返ってくる鉄板の答えとしては青山製陶のソケット＋裸LED電球の照明をブラケットに使うという物ですね。それを多用して浮いたお金で、これぞというダイニング上のペンダントを選ぶのが、いい感じかと思います。
選ぶ際に気を付けることは、自分の好みを設計士さんにはっきりと伝える事です。照明器具は性能部材です。光量や範囲等ある程度計算も必要です。自分で選んでもダメではありませんが、細かい器具の選定は設計士さんに任せたほうが確実だと思います。