今、困っていなければ不要かと思います。

今、困っているなら設置した方が良いです。

私はどちらでも構わないと思っております。

打ち継ぎができない分、構造は一体化しますが天端の精度が落ちがちなので、気密性のためには2回打ちの方が良かったりもします。RCの現場であれば各層ごとに打ち継いでいきます。

立ち上がりと地中梁が両方ある場合などは、梁の中で打ち継ぎが発生することになりますので、1回打ちの方がいいかなと思ったりします。

長野（おそらく積雪地域？）で耐震等級3はすごいです。

基礎の構造からものすごく頑丈になっているのでしょうか。素晴らしいと思います。窓がたっぷりあるのであれば、尚更夜間の放射冷却の影響もたっぷり受けますので、断熱にお金を投じたほうが良いかと思います。

UA値0.25程度までは断熱や窓の強化をやってしまっても良いかと思います。太陽光は後付けできますが断熱は今しかできません。太陽光は将来壊れますが断熱は壊れません。

もし、PPAの事業者さんが選べる地域であれば、新築時に無料で太陽光を載せることも検討されると良いかと思います。

既製品の家具で2300mm程度の背丈の物が入らないとか、諸々あります。

家の中全部を2200mmにしてしまうと、天井高さが低いと感じる人もいますので、適宜吹き抜けや勾配天井を織り交ぜる方が私は良いかと思っております。
合わせて、天井が照明器具などでごちゃごちゃしているとうるさいので、なるべく一面何もない状態を作ってあげたほうがいい気がします。

家の中の空気の流れをコントロールすることで、においが伝わってほしくない場所への空気の流入をある程度防ぐことはできますが、音は伝わってしまいます。

そこは完全に矛盾した要望になってますのでハード面での工夫よりも、家族間で迷惑な音を出さないように気をつける。あまり音の事に神経質にならないように気をつける。というソフト面の工夫の方が良いかと思います。

私の家はロフトまで筒抜けの吹き抜けで、ロフトにおいてあるキーボード（楽器）の音が家中に聞こえますが、家族6人誰もうるさいとは言いません。リビング階段、気持ちいいですよね。

ペアガラスにしたとしてもガラス面で結露を起こす確率は低いです。
結露を起こすのはガラスの端など、熱橋になる部分になります。全体的な省エネ性や体感も違いますが、トリプルガラスとペアガラスの最も大きな違いは端部の耐結露性能かと思います。
細かな条件が分かれば計算できますので、是非設計者さんに相談されてください。

床下エアコンの場合は、壁の内側などを通して暖かい空気を運ぶため、合板と柱などの部分は隙間を開けたままにしておくことの方が多いと思います。

空調設計をどのように考えているかにもよりますが、より沢山の空気がつながっていた方がコンクリートの乾燥にも有利ですので、そのような理由で開けているのかもしれません。

土台や大引きなど、床下にもLVLの構造材を使われるのでしょうか。

床下エアコンであれば、極端な温度差は出ませんのでボンドなどへの影響はそこまで気にすることは無いと思います。

どちらかというと、住んで2年くらいは発生するであろう接着剤の匂い（F☆☆☆☆）の方が気になるかもしれません。

F☆☆☆☆が絶対悪いとは言いませんが、使わなくて済むのであれば、あえて使うものでもないかなと思っております。

追い炊き配管などを通す穴です。

基礎断熱であれば塞ぎます。床断熱であれば、塞がないこともあるかもしれませんが、塞いでおいた方が無難です。