基本的に、家の中に自然由来ではない物を使った場合、人体への影響はゼロではありません。ただ、致死量が100とした場合、影響の度合いが10程度なのか、0.1程度なのか、0.0001程度なのかという程度問題があるだけです。そういった意味では、影響はあるが問題は無い程度であるというのが、最も正確な表現なのではと思います。
恐らくスタイロフォームATよりもはるかに悪影響のある物が室内には沢山使われるはずですので、あまり気にしなくても良いかと思います。
また基礎内断熱の場合、防蟻材入りの断熱材を必ずしも使わなくても大丈夫だと思います。ベースと立ち上がりの打ち継ぎをしっかり地面より高い位置で作り、アリの侵入が無い様点検をすれば、基礎内断熱で食害はありません。

最後に、質問の内容とはあまり関係ないですが、基礎内断熱＋床下エアコンで最も大事なのは、基礎全面に断熱材を敷くという事です。冬の基礎内の温度は30℃近くまで上がりますので、床下エアコンでなければ無視出来ていた基礎のベースから地中への熱移動が、全く無視できないレベルの熱損失になっていきます。

体感に関しては入居してすぐには分かりません。両方とも快適に思えるはずです。
しかし２年も住むと、確実に分かります。UA値0.4の家の人がUA値0.45の家に泊まりに行き（冬）この家寒いねと言います。そのくらい、人間の感覚が不快に敏感になっていきます。UA値が全てではありませんが、やはり、違いは分かります。

省エネについても、UA値が全てではありませんが、0.13も違えば光熱費は確実に変わってきます。

気密性能の低下はほぼないと思っていただいて大丈夫です。
気密性を落とさないためにはいくつかの方法が有効です。
まず耐震性能を上げる事です。家を固く作り、細かい地震ではびくともしないような構造にしておくことで、気密性能の低下は防ぐことが出来ます。
次に外張り断熱を併用する事です。構造材の収縮も気密性を落とす大きな要因ですが、外張り断熱の家の場合は温度変化による木材の収縮を大きく減らすことが出来ますので、気密性能の劣化は少ないです。
次に含水率の低い木材を使う事です。施工後に木材が痩せるのを防ぐことが出来ます。
最後に、細かい振動から有効な制振材を使う事です。大地震の時だけではなく、小さな地震から効果を発揮する制振材を使う事により、構造の変位を抑える事が出来ますので、結果として気密性能が落ちにくくなります。
気密性能が経年によりどの程度落ちるか、どんな原因で落ちるかという事は1990年には既に北海道工業大学の研究室にて実測された研究結果が論文発表されております。
上記の対策を全て講じた場合、気密性能の低下はほぼ発生しないと思っていただいて大丈夫です。

だん no.05、06には森亨介の記事も掲載していただいております
「だん」につきましては、０１～０6まで、どれも充実した内容になっておりますので、お勧めです。
他には「あたらしい家づくりの教科書」なども高断熱な住宅のメリットについて分かりやすく述べられてます。
もう少し深くという事になりますと、著名な方の本という事になります。実務者さんですと、エネパスの今泉さんが書かれたエコハウスはなぜ儲かるのかなどは、社会全体の事に絡めて書いてあり、多角的にエコハウスを考える事が出来ます。他にも松尾さんや西方さんなどが、エコハウスについての本を上梓されておられます。
学者さんの本ですと、北大の荒谷先生、室蘭工科大の鎌田先生、東大の前先生などが、一般の方向けのエコハウスについての本を書かれております。

高気密高断熱についてはそれらの本を読んでおくと、そこら辺の住宅実務者顔負けの知識が手に入るのではと思います。

しかし、家は高気密高断熱だけが全てではありませんので、色んな住宅作家さんの哲学に触れたりすることも良いかと思います。

現実的にはそのような方が大半です。現実的には、質問者さんのおっしゃられる、申請はしないけどもそのレベルの計算をしながら建てるという方の方が多いです。弊社でも、現在進行していてパッシブハウスの認定を出せば取れるというレベルにある建物のうちでも、実際に認定を出す建物は1件だけになります。認定を出さないから、断熱計算は手を抜くという事は、実際にパッシブハウスの認定を取ったことのある設計士さんであれば、しないと思います。（全員の顔が思い浮かびますが、そういうことをする人は居ないです）認定実績のある人であれば、安心してご依頼いただき、建物燃費ナビ（PHPP）のデータも欲しいですと遠慮なく言っていただければと思います。