耐久性の高い物と低い物を混ぜないのは日本の家の9割以上が出来ていない事になります。どんな大手ハウスメーカーでも、断熱材、電気配線、水道配管、冷媒配管、換気ダクトなどがごちゃ混ぜに施工されている例は枚挙に暇がありません。折角丁寧に施工された断熱材が一生モノではなくなってしまうのが日本の殆どの家づくりにおいて起きている問題になります。とは言え、同じ問題意識を持って施工している工務店は数は少ないですが全国に沢山あります。決してすごく特殊で技術のいるものではありません。

20％は切っておきたいです。できれば15%以下が望ましいです。木材が白蟻にやられる理由は、施工時に湿っているというよりも、施工後も継続的に湿り続ける事が原因です。きちんと木材が乾く施工になっているか、水分の供給源が無いか（結露や雨漏り）がものすごく大事になってきます。
だから、高気密高断熱が必要になってきます。

どれだけ薄くても良いので入れてもらうべきです。その性能でコンクリートの熱橋がありますと、質問者さんの住み方次第では土間立上りで結露が発生し続ける可能性があります。気が付いたら立上り面にカビが生えているという事態を招く恐れがあります。
日本の住宅性能の計算基準ではそういう部分の熱橋はほぼ無視して計算されますが、UA値が0.3程度になってきますと、各種熱橋部分からの熱流入が無視できなくなってきます。熱橋まで含めて正確ににUA値計算をすると、0.03～0.1程悪くなってしまうという事もありますので、そのレベルであれば、きちんと熱橋処理をしてもらった方が諸々良いかと思います。

一般住宅よりも同じ暮らしをしていても温度が上がるからです。温度が上がれば相対湿度は下がりますので、乾燥している様に感じます。
それだけの理屈になります。

高気密高断熱のレベルによります。レベルが高いほど、天井設置の方がよく、レベルが低いほど、2階床付近設置の方がまだマシという風になります。UA値がG2より良くて、窓が樹脂トリプルレベル、C値が0.3以下であれば天井、それに至らなければ床、くらいでしょうか。勿論外部の気象条件によります。

基本的には基礎内断熱の場合、打ち継ぎ面の処理や貫通部の処理さえしっかりしていれば防蟻性の無い断熱材を使っても問題はありません。
ユニットバス下の人通口を点検時だけ破るという考え方も間違ってはおりませんが、ワイルドすぎてあまりスマートではない気がします。
光景を想像するとちょっと笑えますね。

良くないことはありません。きちんと夏冬の気象条件や室内環境を基に計算をしないで、外皮構成を設計する事が問題であり、その過程で、透湿抵抗の高い材料低い材料を組み合わせる必要はどうしても出てきます。
きちんと原理原則を学んで計算する事。それが一番の注意点です。

将来的にエアコンが取り付く可能性がある場所には新築時に全て穴を開けて配線を通しております。
気密はしっかり処理をすれば悪くなりません。せいぜいαA値が0.5cm2程度落ちるくらいで、問題ありません。それよりも後で折角丁寧に仕上げた防湿ライン気密ライン断熱ライン防水ラインを全部台無しにする方がよほどリスクが高いです。

基礎断熱の場合、床下浸水は気密性如何で防げますが、床上まで水が来た場合は、サッシの気密性、玄関ドアの気密性、排水管の逆流対策の有無によっては床上浸水が発生します。床をめくり、床下の排水、乾燥、石灰による消毒のうえ、床を復旧致します。また、断熱材が繊維系の場合は水に濡れてダメになりますので壁をめくったりする必要性もあります。
水害については、しっかり対策をしてあれば床断熱でも基礎断熱でも同様に耐えることが出来ますし、浸水してしまった場合の、床や壁をめくる云々に関しても、同様のリスクになります。

どちらにしても、しっかりやるかどうかが最も大事です。

大きな要素は日中に人が居るかどうか。エアコンは常時onしてくれるかどうか、間欠運転にしたいかどうか。になります。
日中人がおらず間欠運転という使い方だと基礎内断熱の方が良いです。