普通のパイプファンであれば後々でも交換するだけで終わりますので、メンテナンス性は気にすることはありません。
ダクト式の場合は、機器本体の交換が発生しますので、必ず機器本体＋αのスペースが必要になります。それが無ければ、使い捨てのつもりで採用した方が良いです。

その使い方でしたら、必須になるのはキッチンの換気扇は外壁面にくっついている事です。コンロ周りに勝手口や窓は無い方が無難です。オープンキッチンでも良いですが、せめて正面と側面に壁のあるキッチンにすると良いかと思います。換気扇はお掃除機能付きなどは採用せず、掃除のしやすさの1点に絞って探すと良いかと思います。タカラのホーローレンジフードなどは相性が良いかと思います。

また、煙草のヤニの成分などはてきめんに熱交換素子を詰まらせますので、メンテナンスの頻度はかなり高くなります。
家の中で煙草を吸うのであれば、熱交換換気やダクト式の空調は全くお勧めできません。普通の第三種換気にしておいて、吸排気のフィルターをマメに変えたほうが良いです。

はい、下がりますね。ただし、電子集塵機の本当に必要な地域なのかどうかはちょっと考えてみてください。
田舎の空気が綺麗なところであれば普通のフィルターで十分ということもありますので。

気密がしっかりと取れている家（C値1.0以下）という前提でお答えいたします。
快適性という点ではそんなに変わらないと思います。
しかし、生涯コストという点ではUA値0.28+3種換気の家の方が50年で100万円程安いと思います。勿論設計によってはもっと差がついたりそこまで差がつかなかったりしますので、お住まいになる想定期間分の光熱費やメンテナンス費の試算を建築会社に出してもらってください。
足元の寒さが気になるようであれば、どちらの場合でも床が暖かくなるような暖房計画（床下エアコンや床暖房など）を採用するとなお良いですが、どちらが良いかについては、あなたがどのくらい寒がりかという事にもよりますので、そこは建築会社さんに数値を伴うしっかりしたヒアリングをしてもらった方が良いです。
UA値は下がれば下がるほどシームレスに家の中の温度ムラ、冷暖房コストなどが良い方向に変わっていきます。
一生涯、住宅を維持管理していく中で、よりコスパが良く、より後で触りにくいのは換気設備よりも断熱材の方です。0.3を下回るまでは、断熱材だけにお金を掛けたほうがいいです。