前提条件によってお勧めするものは随分変わってきます。一般的にはトイレですとクッションフロアを使うことが多いような気がしますし、キッチンはフローリングが多いです。

トイレは使用する男性が立って用を足すのか座って用を足すのかで、その汚れ方は随分変わってきます。座って用を足される家庭であれば、クッションフロアではないものでも大丈夫かと思います。

キッチンも水跳ねが気になるとか、油汚れが気になるのであれば、フローリングではなくクッションフロアや長尺シートなどを選んでも良いかと思います。家で天ぷらや唐揚げを作るかどうかなどが判断材料になってきます。

水回りで気になっていることや心配なことを教えていただければそれに対応したおススメをお応えします。

まず質感と温かみについてですが、
硬くて重い床材程、傷付きにくく、足の裏がひやっとします。
柔らかくて軽い床材程、傷つきやすく足の裏は暖かいです。

前者はタイルなどが挙げられ、後者は木材です。
木材の中でもナラなどの広葉樹は硬くて重く、
杉やヒノキなどの針葉樹は柔らかくて軽い傾向にあります。

また、いくら柔らかくて軽い床材を選んでも、そもそもの
室温や床の表面温度が低ければ、暖かさは感じられません。

長期的なコストという点では、まず床材を「一生モノ」と
捉えるかどうかが一つのポイントになってきます。

お寺の境内の床などは厚さ4cm以上の無垢材が使われますが、
あのレベルの物になりますと、少なくとも家を建てた世代の人が
死ぬくらいまでは長く持つ床になります。（紫外線や雨が当たらない前提）
建築の内装材については、一般に建物の想定使用期間と同じ耐久性を
持つ素材が、生涯コストで最も安くなる材料と言えます。勿論例外もありますが。
そういった意味では、杉の厚板は、花粉症も温熱も温かみも兼ね備えた床材と言えるかもしれません。
2階の床に関しては、耐震等級を考えるのであればどうしても24mmであったり28mmといった厚みの合板を施工することになりますので、あまり厚い床板を施工することは一般的には致しませんが、1階であれば、杉の厚板を使う施工もありなのではと思います。
今の技術の合板がどうなるかは、まだ分かりませんが、30年ほど前に施工された合板のフロア材などはどうしても合板の接着面が劣化し、人がよく歩く場所で床がたわんでしまうという例が多いです。
当時は12mmの厚みの床を1枚だけという施工も多かったので、
合板というだけの原因ではないかと思いますが、
層が剥離する可能性というのはゼロではありません。

ちょっと適切な回答になっているか自信がありませんが、参考にしていただければと思います。

除湿加湿器については、購入前に必ず相談いただきたいと思います。まずは消費電力、そして発熱量ですね。
高断熱になって行けば行くほど、相対的に家電などの発熱量の割合が増えていきますので、冷暖房計画において無視できない物になっていきます。
勿論、ご希望いただければ、アドバイスをさせて頂きます。
また、除湿器加湿器については、能力計算をせずに選んで全く意味が無い物が設置されているという事も少なくないので、購入前に必ず相談いただきたいと思います。

勿論採用することは可能です。杉板の単価はガルバリウムとほぼ同等ですので、焼く手間と施工の手間の分だけ高くなります。もし、建築予定地が十分に広くて、そこでご自身の手で杉を焼くことが出来れば、焼く手間は省くことが出来るかもしれません。ちなみに焼く手間は5分/㎡程度かかりますので、200㎡分焼こうと思うと丸二日程時間がかかります。
これは裏話的な感じですが、、職人さんの道具が真っ黒になるのですごく嫌がるんですよね、、道具をきれいに掃除する手間も施工費にちゃんと見ておいて欲しいと。そういうのが、施工の手間にも含まれてきます。
という事で諸々やっているとガルバの倍くらいになってしまいます。
更に余談ですが、薄く焼いた杉を床に使う事も出来ます。焼杉が大好きであればそこまでやってみてもいいかと思います。