オーバーヒートは狙ってさせることが出来るようになります。暑くなり過ぎたら窓を開けて「ああ、涼しい」で大丈夫です。夜寝苦しいレベルになることは余程ありません。オーバーヒートをするという事は窓が大きいという事で、夜に逃げる熱も大きくなっていきます。

私の場合、オーバーヒートをさせるかどうかは住まい手さんの生活スタイルによります。夫婦共働きで日中は殆ど家に居ませんという家庭であれば、存分にオーバーヒートさせておき、夜の暖かさを確保します。

ダクトレスでは認定が取れないのは本当です。カタログスペックだけ見ればダクト式と変わらないように見えますが、ダクトレスは1つの穴で吸排気をする性質上、他の換気扇の有無に性能が大きく影響されます。カタログスペック通りの性能が現実に出ない事が多いという事です。
性能の安定性、信頼性、空気環境の清浄さなど換気に必要な要素のほぼ全てにおいてダクト式換気の方が上です。
ダクトレス換気は、リフォームなどでダクトを今さら這わせるのが無理だから仕方なく施工されるというのが、ドイツでの認識であり実態です。
リフォーム用につくられた商品を、なぜか新築で有難がってつけているのが日本の住宅市場です。

パッシブデザインの最適解が変わることはありません。パッシブデザインの本質は、太陽の動きと家の形を合わせる事にあります。地球の地軸の傾きが23.4℃からずれたりするレベルの天変地異が起こらない限りはパッシブデザインの効力は変わりません。
このまま極端な温暖化が進むと、断熱材の厚みが1cm薄い方が良かったとか厚かった方が良かったという些細な差が生まれる事は予想されますがパッシブデザインの最適解が変わるという事はありません。
しかし、周囲（主に南側）にビルが建ってしまった場合には、冬の日照計画に大きな影響がある為、そういう事が起こり得る地域の場合は南側に大きな窓を設けるべきかどうかは慎重に判断した方が良いかと思います。
西側や東側に建つ大きなビルは、本州の多くの地域では通年で考えるとプラスになる事も多いので、気にしなくてもいいです。北側のビルに関しては、マイナス要因はほとんどなく、プラスに働くことの方が多いと思いますので、問題ありません。

現実的にはそのような方が大半です。現実的には、質問者さんのおっしゃられる、申請はしないけどもそのレベルの計算をしながら建てるという方の方が多いです。弊社でも、現在進行していてパッシブハウスの認定を出せば取れるというレベルにある建物のうちでも、実際に認定を出す建物は1件だけになります。認定を出さないから、断熱計算は手を抜くという事は、実際にパッシブハウスの認定を取ったことのある設計士さんであれば、しないと思います。（全員の顔が思い浮かびますが、そういうことをする人は居ないです）認定実績のある人であれば、安心してご依頼いただき、建物燃費ナビ（PHPP）のデータも欲しいですと遠慮なく言っていただければと思います。