これはものすごく沢山の考え方がありますので、一概には言えませんが、
各種論文を読み解く限りでは、日本の岐阜において最も永続的に効果のあるシロアリ対策は、木材の乾燥状態を保つことになります。

勿論薬剤を使っても良いとは思います。

じゃあ、木材の乾燥状態を保つためにどういう工夫をして、どういう効果が見込めて、その時のシミュレーションは妥当かどうかという検証をして、、、
と、誰もやらないので、結局保証のある薬剤に頼るしかなくなります。

自信が無ければ強い保証の薬剤に。自信があれば弱い保証の薬剤に。
だから、その建築会社さんがお勧めする物が、その建築会社さんで建てるのであれば最も良いものになるはずです。

一概には言えません。何が良いかではなく、あなたの場合に何が「最適か」で決まります。

これは厄介な問題ですね。現在の所、気にされる方は全棟ホウ酸処理を勧めるという形になります。建物を建てる際には様々なリスクを天秤にかけて予算の使い方を決めますが、質問者さんにとって、カンザイシロアリのリスクがどの順位に来るかによって、予算が回る/回らないを決められたら良いかと思います。
恐らく日本で一番白蟻の事を研究している京都大学の吉村教授は、外来種であるカンザイシロアリの対策は、根絶させる事であり、地域自治体全体で取り組まなくてはならないと言われております。マクロな話をすると、これ以上アメリカから木材や古家具を輸入しないというのが、最も現実的な対策になります。つまり、国産の木材を使って家を建てるという事が、まわりまわってカンザイシロアリの撲滅につながります。

基本的に、家の中に自然由来ではない物を使った場合、人体への影響はゼロではありません。ただ、致死量が100とした場合、影響の度合いが10程度なのか、0.1程度なのか、0.0001程度なのかという程度問題があるだけです。そういった意味では、影響はあるが問題は無い程度であるというのが、最も正確な表現なのではと思います。
恐らくスタイロフォームATよりもはるかに悪影響のある物が室内には沢山使われるはずですので、あまり気にしなくても良いかと思います。
また基礎内断熱の場合、防蟻材入りの断熱材を必ずしも使わなくても大丈夫だと思います。ベースと立ち上がりの打ち継ぎをしっかり地面より高い位置で作り、アリの侵入が無い様点検をすれば、基礎内断熱で食害はありません。

最後に、質問の内容とはあまり関係ないですが、基礎内断熱＋床下エアコンで最も大事なのは、基礎全面に断熱材を敷くという事です。冬の基礎内の温度は30℃近くまで上がりますので、床下エアコンでなければ無視出来ていた基礎のベースから地中への熱移動が、全く無視できないレベルの熱損失になっていきます。