外と内をつなぐための伝統的な空間が「縁側」です。

私が最も良いと思う事例は、縁側の内側が断熱気密ライン、縁側は外という形で作っておき、夏冬それぞれの気候に備える事だと思います。

庇を2m程度伸ばして空間を作るだけでも非常に良いつなぐ空間になるかと思います。

ざっくり優先順位を上げますと、

立地、地盤、設計、基礎、構造、断熱、耐久、外装、内装、設備（給排水、電気、換気、空調、給湯、照明、バス、キッチン、トイレ、洗面、太陽光）の順です。

無垢材にすべきかどうかは、質問者さんのおかれた状況によります。

そもそも内装に至るまでの事項は必要十分なものであるか、質問者さんにとってのローン増額は内装を無垢に変えたメリットよりも小さいと思えるかが、そのあたりが判断ポイントになってきます。

質問者さんの状況が分からないまま一般論で答えてしまいますと、世の中の家づくりの9割以上は、耐久性までの部分で必要な物を満たしておりません。ローンを増額出来る経済的余裕があるのであれば、内装以前の部分に全部入れた方が良いです。

私も同じです。その二つは同じように気にしておかなければなりません。

またもう一つの観点として、将来的に自分が管理すべき不動産を増やさないという事です。両親祖父母は勿論、親戚筋から、将来自分が相続することになりそうな土地がある場合は要注意です。

核家族化少子化が進み、思わぬところから土地や建物を相続することも起こっております。

そのような土地がある場合は、今の時点で新たに不動産を購入することはよくよく検討した方が良いです。その土地に家を建てたほうが、何年か待ったとしても生涯で家や土地に使うお金は少なくて済むことが多いです。

BELSを取るのであれば、既に外皮計算などは終わっている状況ですので、追加のシミュレーションなどもすぐに出来るはずです。

結露計算はBELSの申請に必須では無かったと記憶しておりますので、その工務店さんが任意で提出されているのだと思います。

各種の記録はきちんと出来ていると思いますので、気になるようであれば、内容の説明を求めても良いかなという程度です。

BELSのレベルを超えた専門ソフトを使用したシミュレーションは、その工務店さんがそもそもソフトを持っているかどうかにもよりますので、求めても答えてもらえない場合もあります。

一般的には本当です。

窓は断熱的にも耐震的にも弱点になります。無制限に窓を付けて耐震等級も3が取れるという事はありません。特に、南北に長い建物になる場合は、1階の南側の窓は思うように取れない場合が多くなります。

高気密高断熱にする事と、窓が小さくなることは関係がなく、耐震等級3を取ることだけが窓の大きさに関係してきます。

家づくりはより夏重視にシフトしていきます。

夏のポイントは、とにかく湿気を家の中に入れない事です。

逆説的に思えるかもしれませんが、高気密性がより重視されます。

開けたい時にはちゃんと風が通る事。閉めたい時にはぴっちり閉まる事が重要になってきます。

家の形的には昔の古民家の作り方が最適解に近いです。庇を深くする。東西に窓は付けない。南は緑化する。

そういった古来からの涼しく住まう知恵を最大限生かしたうえで、冷房のよく効く家を作らねばなりません。

増加する雨量に耐えられるように屋根は勾配をしっかりつける。暴風に耐えられるような構造にするというのも大事になります。

未来がどうなるのか分からないという事ではなく、こうなるという事が分かっているという状況です。であれば、やるべき対策もはっきりしています。

未来に通用する家づくりを今からしておくことが大事ですね。

長期優良住宅のルール上は床下の空間は有効で300mmの高さが必要となっております。

しかし、住まい手の方が自主点検で潜るとなった場合、体格によっては300mmでは通れないという事も発生致します。
床下をしっかりと点検できるものにしようと思うと、有効で600mm程度（ダイニングテーブルの下の空間くらいの高さ）があった方が良いです。しかし、今の日本の家づくりでそこまでの空間を作る事は、非常に稀です。

将来的には床下空間の高さもどんどん高くなっていくのではと想像しております。

どの程度の防音室を作るかによりますが、家の外に対して30㏈程音を下げる程度の事でしたら、UA値0.3程度の断熱とC値0.3程度の気密で出来ると思います。その場合は特に個別の冷暖房計画は必要ありません。

家の室内同士でも音が聞こえない防音室を作ろうと思うと、非常に大変でして、冷暖房計画は当然その部屋だけの個別のものでなくてはいけません。

どの程度の防音室を検討されておられるのかというのが大きな要素になります。作り手と住まい手が「防音室」というイメージだけでやり取りをすると高い確率で失敗します。双方がお互いに数字を示し合う事が大事です。