シミュレーションはしなくても家が建ちますが、やった方が良いです。シミュレーションと聞くと大げさに聞こえますが、要は計画と予測です。あなたは家づくりをするときに、会社選びも資金計画も間取り設計も、適当お任せ無計画で進めますか？
そういう進め方でしたらシミュレーションをしない会社さんでも何も文句は出ないと思います。
シミュレーションをしないで進めるなら住んだ後に「思ったよりも寒い/暑い/光熱費が高い」は言ってはいけません。

その現象は起きます。外と中の気温差により空気の圧力差が生じますので、夏と冬では給排気の風量が変わります。圧力差を無くしたければ、外と中の気温を合わせると良いです。つまり、断熱や冷暖房をしなければそういうことは発生しにくいです。
高気密高断熱でもそういうことが起きる。のではなく、高気密高断熱だからこそ、そういうことが起きるんですね。

全館冷暖房の場合は、もちろん床断熱の方が少ないエネルギーで生活できます。物理的に気積も表面積も多くなりますので同じというわけにはいきません。
だから、基礎断熱にするのであれば、床下空間が室内と同じ環境になるという特性を是非生かすべきです。何も生かさないのであれば、床断熱の方が良いです。

UA値0.35を切るまでは断熱に全振り、みたいな感じで。元々は基礎断熱でも床断熱でも0.7で、そこまで辻褄が合わないという事は無かったのですが、基礎断熱で床下空間にエアコンを突っ込む人が現れ、それが沢山増えて行きまして、エネルギー的に辻褄が合わないのもあり、現実的なルールに変わっていくのだと思います。かく言う私も相当数、床下にエアコンを突っ込んできましたし、これからも突っ込んでいくと思いますので、今回の改正で、UA値の影響は受けますが、元々光熱費的に床下ACの場合は床下こそ最も断熱を入れなければならない所だというのは織り込み済みですので、弊社の仕様が変わるという事は有りません。

飲み物をこぼしたり、細かなハウスダストは当然増えてきますが、素材をきちんと選べばいい感じの空間にできます。
カーペットは柔らかいので裸足で歩いても疲れにくいし、クッションなどを介さずに直に座ってもいいので何かと便利です。長い目で見ると、消耗品だと言えますので、数十年後のきれいさを考えても悪くないと思います。

年中乾燥した状態を保ってあげれば、カビやダニの心配も少なくなりますので、高気密高断熱との相性もいいと思います。

後は好みでしょうか。どちらでも大丈夫です。

断熱、気密、防湿ラインはそれぞれの工務店で取り方はバラバラになります。○○工法と呼ばれる物でしたら、その工法独自の型があり、統一されている例も多いです。それはどちらでも大丈夫ですが、稀に、そのラインがきちんと連続しておらず、危険な高断熱住宅になっている例もありますのでその会社さんの実績は少し気にして見たほうが良いかもしれません。
設計がしっかりしていても現場がそれを具現化できなければ文字通り絵に描いた餅となります。そして実はここが最も難しい部分になります。設計の勉強は比較的早く修める事が出来ますが、それを一軒一軒の現場にきちっと適用していくのは場数を踏む必要があります。

耐久性の高い物と低い物を混ぜないのは日本の家の9割以上が出来ていない事になります。どんな大手ハウスメーカーでも、断熱材、電気配線、水道配管、冷媒配管、換気ダクトなどがごちゃ混ぜに施工されている例は枚挙に暇がありません。折角丁寧に施工された断熱材が一生モノではなくなってしまうのが日本の殆どの家づくりにおいて起きている問題になります。とは言え、同じ問題意識を持って施工している工務店は数は少ないですが全国に沢山あります。決してすごく特殊で技術のいるものではありません。

20％は切っておきたいです。できれば15%以下が望ましいです。木材が白蟻にやられる理由は、施工時に湿っているというよりも、施工後も継続的に湿り続ける事が原因です。きちんと木材が乾く施工になっているか、水分の供給源が無いか（結露や雨漏り）がものすごく大事になってきます。
だから、高気密高断熱が必要になってきます。

どれだけ薄くても良いので入れてもらうべきです。その性能でコンクリートの熱橋がありますと、質問者さんの住み方次第では土間立上りで結露が発生し続ける可能性があります。気が付いたら立上り面にカビが生えているという事態を招く恐れがあります。
日本の住宅性能の計算基準ではそういう部分の熱橋はほぼ無視して計算されますが、UA値が0.3程度になってきますと、各種熱橋部分からの熱流入が無視できなくなってきます。熱橋まで含めて正確ににUA値計算をすると、0.03～0.1程悪くなってしまうという事もありますので、そのレベルであれば、きちんと熱橋処理をしてもらった方が諸々良いかと思います。

一般住宅よりも同じ暮らしをしていても温度が上がるからです。温度が上がれば相対湿度は下がりますので、乾燥している様に感じます。
それだけの理屈になります。