弊社の場合、機械室に、換気設備本体・冷暖房設備本体・換気設備が変わったときに対応できるようなダクトスペースの3つを置くことが多いです。

当然、機械室単体で使うのはスペース的にももったいないので、私の場合でも、クローゼットと併用して使うことをお勧めしております。
工事の時には物がない状態にする必要がありますが、天井をはがしたり床をはがしたり、壁をはがしたりする経済的損失よりはるかにストレスが無いかと思います。